Kini para siswa mulai memasuki semester kedua di sekolah, untuk dapat membunuh target mereka yakni Koro-sensei, para murid kelas 3-E mulai mengasah kemampuan mereka masing-masing dengan belajar dari Koro-sensei sendiri. Namun kekhawatiran mereka tak hanya sampai disitu. Namun juga saingan mereka yaitu kelas A serta kepala sekolah SMP Kunugigaoka yang selalu menghalangi kelas E dalam mencapai keunggulan akademik. Bagaimanakah kisah selanjutnya? apakah kelas 3-E dapat berhasil mengalahkan kelas A sekaligus tujuan utama mereka yakni membunuh Koro-sensei?