Bercerita tentang datangnya seorang makhluk aneh yang sekarang telah membuat bulan hingga hancur lebih dari setengah bagian. Setelah ia menghancurkan bulan, kini ia ingin menjadikan nasib yang sama terhadap bumi layaknya bulan yang telah hancur. Namun ia menunda penghancuran tersebut hingga waktu yang telah ditentukan dengan satu syarat, yaitu ia ingin agar dapat mengangajar di salah satu sekolah yaitu SMP kunugiaoka. SMP kunugigaoka adalah sekolah yang terkenal dengan sistem pembelajaran yang beda, dimana orang pandai & cerdas dikumpulkan di kelas A, sedangkan orang-orang yang memiliki nilai kecil dibawah rata-rata ditempatkan di Kelas E. Menggunakan kesempatan tersebut, Pemerintah kemudian memberikan misi kepada mereka untuk membunuh Makhluk tersebut yang sekarang sering mereka panggil dengan sebutan Koro-sensei. Walaupun begitu, misi tersebut terbilang mustahil walaupun sekarang mereka telah diberikan persenjataan yang lengkap bagaikan pembunuh, kekuatan dan kecepatan yang dimiliki koro-sensei merupakan alasan utama yang membuat mereka susah untuk membunuhnya. Di lain sisi, Koro-sensei adalah guru yang sangat hebat dalam mengajar, bahkan menurut pengakuan murid kelas E, koro-sensei adalah guru terhebat yang pernah mereka temui. Bahkan Koro-sensei sendiri yang mengajari mereka cara untuk membunuh guru mereka sendiri….