Saat ini, beberapa daerah di permukaan bumi telah tenggelam akibatnya meluapnya air laut karena efek dari pemanasan global. Penduduk yang masih tersisa kini memilih untuk tinggal di pedesaan dan jauh dari laut. Natsuki Ikaruga, seorang pemuda yang tinggal di sebuah kapal ini kehilangan kaki kanannya karena insiden Ketika masih kecil dulu. Setelah dewasa, neneknya yang merupakan ilmuwan geologi kelautan telah mewariskan sebuah kapal selam. Natsuki menggunakan kapal selam tersebut untuk mencari warisan yang tenggelam di dasar laut. Namun, Ketika ia telah sampai di kediaman sang kakek justru Natsuki menemukan gadis Humanoid bernama Atri yang tertidur di sebuah kapsul. Pertemuan Atri dan Natsuki ini akan membawa mereka pada kisah yang tak terlupakan.