Satu tahun telah terlewati sejak pemberontakan “Black Rebellion”, Kuro no Kishidan mengalami kekalahan yang dipimpin oleh Zero yang sekarang telah hilang. Organisasi Perlawanan Area 11 “Black Knight” tak dapat berbuat apa-apa didepan kaum Eleven. Zero yang tak lain adalah leluoch sebenarnya masih hidup dengan damai tanpa mengingat apa yang telah terjadi sebelumnya, ingatannya telah dihapus oleh Charles Brittania dan menanamkan memory baru kepada Leluoch. Kini Leluoch hanyalah murid biasa yang tinggal di akademi Ashford bersama dengan Adiknya, yaitu Rolo dan juga teman-temannya. Tak terima dengan apa yang terjadi, partner terdekatnya C.C mencoba mengembalikan ingatan Leluoch dan membangun sekali lagi Organisasi Pemberontak terbesar yaitu Kuro no Kishidan dengan pemimpin lamanya, yaitu Zero.