Beberapa tahun berlalu sejak perang cawan suci sebelumnya. Fate Zero bercerita tentang Holy Grail ke-4 dikota Fuyuki. Holy Grail merupakan perang yang diikuti oleh 7 orang bersama dengan 7 roh pahlawan yang mereka panggil untuk bersaing memperebutkan cawan suci. Masing masing peserta yang mengikuti perang Cawan Suci memiliki seorang servant untuk mendampinginya yaitu Archer, Assassin, Rider, Lancer, Saber, Berserker, dan Caster. Konon jika mereka dapat memenangkan perang tersebut mereka berhak mendapatkan kekuatan Holy Grail yang dapat mengabulkan keinginan Apapun.