Keiichi Maebara baru saja pindah ke sebuah desa kecil Hinamizawa yang damai. Sebuah desa yang hanya memiliki satu sekolah yang hanya diisi oleh beberapa belas murid saja, bahkan kelas mereka disatukan walau berbeda tingkatan. Tanpa waktu yang lama, Keiichi sudah bisa beradaptasi dengan lingkungan dan teman-teman barunya. Rena, Rika, Shion, Mion, & Satoko bahkan mengajak Keiichi untuk bergabung ke klub mereka yang tidak jelas tujuannya. Namun perlahan Keiichi merasa ada yang disembunyikan oleh masyarakat di desa kecil ini, perlahan rasa takut Keiichi muncul dari dalam dirinya, apa yang sebenarnya terjadi? Keiichi terseret kedalam sebuah misteri yang belum pernah ia ketahui sebelumnya, akankah ia dapat mempercayai teman-temannya? ataukah sebalikanya?