Season ke-3 dari anime Mushishi. Tokoh utama (MC) dari cerita ini masih tetap Ginko yang ahli sebagai Mushi-shi dalam menangani, menyegel, mengobati dan menyelesaikan masalah yang berhubungan langsung dengan para Mushi. Untuk mengingat kembali, Mushi merupakan sebuah makhluk yang tidak memiliki bentuk ataupun kematian, ia seperti benda berbentuk roh namun secara khas berbeda dengan makhluk hidup lainnya. Mereka bisa saja berubah bentuk dan berpura-pura menjadi manusia atau makhluk hidup bahkan benda mati sekalipun. Saat terjadi suatu permasalahan dengan mereka, disinilah tugas seorang Mushi-shi dibutuhkan untuk membantu mereka. Di Mushishi Zoku Shou Season 2 ini telah menceritakan tentang asal usul orang yang mengubungkan antara dunia mushi dengan dunia manusia karena mereka semua telah ditakdirkan untuk hal itu dan tak ada yang membatasi mereka.