Bercerita tentang seorang anak bernama Jun Sakurada. Karena trauma yang dialaminya semasa sekolah, kini Jun hanya menghabiskan waktunya sebagai seorang hikikomori dan mengurung diri di rumah. Setiap hari ia membeli barang secara online hanya untuk mencobanya dan mengembalikan barang tersebut sebelum waktu uji coba berakhir. Barang yang sering ia beli kebanyakan adalah benda-benda mengerikan aneh yang ia gemari. Namun, suatu hari saat mendapat barang yang ia beli secara online, Jun menemukan sebuah kertas perjanjian, di kertas tersebut tertulis “kami para roh holie buatan datang dari dimensi yang berbeda, apakah kau menginginkannya? atau tidak menginginkannya?”. Tanpa pikir panjang Jun langsung melingkari tulisan “menginginkannya”. Tak lama setelah itu Jun menemukan sebuah boneka yang berasal dari kotak misterius di dalam kamarnya. Boneka tersebut memiliki sebuah kunci pemutar disebelahnya, Jun mencoba memutar kunci dan akhirnya boneka tersebut bergerak dan hidup layaknya seorang manusia. Jun sangat kaget karena peristiwa itu, Boneka tersebut memperkenalkan diri bahwa ia adalah Boneka Rozen Maiden kelima, yaitu Shinku. Boneka Rozen Maiden merupakan boneka legendaris yang dibuat oleh pembuat boneka legendaris Rozen. Para boneka Rozen harus bertarung satu sama lain untuk dalam sebuah permainan yang dinamakan dengan Alice dan mendapatkan hak untuk bertemu dengan pencipta mereka. Bagaimanakah kisah Jun bersama Shinku? pertarungan apakah yang akan menghampiri mereka?