Yuuen Usui, seorang ahli atau master dalam hal membunuh tengah melakukan penyelidikan terhadap pembunuhan yang korbannya merupakan klan samurai berpengaruh bernama Satsuma. Dalam penyelidikan tersebut, ia bertemu dengan Raizou Kurima, salah satu anggota dari klan Satsuma yang selamat. Setelah bertemu dengan Kurima, Usui mengajaknya untuk memecahkan masalah yang terjadi dalam penyerangan tersebut. Berbekal petunjuk yang telah, mereka mengetahui bahwa kasus tersebut lebih besar ketimbang apa yang diketahui oleh banyak orang. Kini, perlahan tapi pasti, Usui dan Kurima mulai mengetahui kebenaran di balik kejadian tersebut.