Kehidupan Misaka Mikoto bersama temannya belum berakhir, disana Esper-esper kuat mulai bermunculan , serta sisi gelap dari Academy City sedikit demi sedikit mulai terungkap dan menyeret mereka kepermasalahan yang lebih besar dan rumit. Apakah Misaka dan teman-temannya dapat menangani semua masalah yang ada di Academy City dan mengungkapkan misteri yang telah lama tersembunyi?