Di masa depan, Seorang Professor bernama Isshiki Kenjirou telah berhasil menciptakan Jigen Engine yang dapat menyuplai energi tak terbatas ke penjuru dunia, penemuan benda tersebut menjadi penemuan terbesar dan membuat krisis energi di dunia yang selama ini menjadi masalah dapat terselesaikan. Penemuan besar tersebut membuat pertempuran antar manusia yang saling mengincar sumber energi kini telah usai dan membuat kedamaian pun tercipta. Namun, Kedaiaman tersebut kini terancam karena suatu hari muncul makhluk-makhluk misterius yang disebut dengan “Alone” mengincar Jigen Engine. Professor Kenjirou telah lama memprediksi hal tersebut dan mempersiapkan alat bernama Vivid System yang bertujuan untuk melawan Alone. Vivid System tersebut ia percayakan kepada Isshiki Akane, cucunya sendiri. Beserta temannya yg lain Futaba Aoi, Saegusa Wakaba, dan Shinomiya Himawari. Dari sinilah cerita mereka berjuang mempertahankan Jigen Engine dari serangan para Alone.